Từ khi Tái lập tỉnh Bình Phước năm 1997 đến năm 2001, công tác quản lý và khai thác các công trình thủy lợi, tưới tiêu phục vụ sản xuất nông nghiệp trên địa bàn tỉnh được giao cho Bộ phận Thủy nông thuộc Ban Quản lý dự án ngành Nông nghiệp & Phát triển Nông thôn trực thuộc Sở Nông nghiệp & PTNT.

Để đáp ứng yêu cầu phát triển và khai thác có hiệu quả các công trình thủy lợi và công trình nước sạch nông thôn, năm 2002 Ủy ban nhân dân tỉnh quyết định thành lập DNNN hoạt động công ích Công ty Thủy nông Bình Phước theo quyết định số 42/2002/QĐ-UBND ngày 22/8/2002 trên cơ sở sát nhập bộ phận Thủy nông và Trung tâm Nước sạch &Vệ sinh môi trường nông thôn. Vốn điều lệ ban đầu của Công ty là : 75.104.459.000 VNĐ.

Năm 2003, DNNN hoạt động công ích Công ty Thủy nông Bình Phước chính thức đi vào hoạt động, quản lý 18 công trình thủy lợi và 01 công trình cấp nước nông thôn.

Năm 2010, Công  ty TNHH MTV Dịch vụ Thủy lợi Bình Phước được thành lập theo quyết định số 3505/QĐ-UBND ngày 10/12/2009  Ủy ban nhân dân tỉnh Bình Phước về việc phê duyệt phương án và chuyển đổi DNNN hoạt động công ích Công ty Thủy nông Bình Phước thành Công ty TNHH một thành viên Dịch vụ Thủy lợi Bình Phước. Vốn điều lệ của Công ty là 166.569.865.185 VNĐ

Từ đó đến nay , Công ty không ngừng phát triển về quy mô và tài sản. Tính đến tháng 6 năm 2021 Công ty đã quản lý 48 hồ chứa thủy lợi, 05 đập dâng , 01 Trạm bơm tưới và 17 công trình cấp nước sạch sinh hoạt. Tổng số cán bộ, công nhân viên lao động là 96 người.